Hầu hết vi khuẩn đề kháng là kết quả của những biến cố di truyền. Các gen đề kháng có thể nằm trên nhiễm sắc thể, plasmit và transposon. Trong đó 2 yếu tố sau đóng vai trò quan trọng trong sự đề kháng truyền nhiễm. Gen đề kháng của vi khuẩn có thể được lan truyền trên 4 phương diện: trong tế bào, giữa các tế bào, chọn lọc trong quần thể vi khuẩn và lây lan trong đợt quần thể đại sinh vật, trong đó yếu tố cuối cùng cần được phòng ngừa tốt để tránh bệnh viện. Sự đề kháng của vi khuẩn có thể được giải thích dựa trên 4 cơ chế: Do giảm tính thấm của màng; Do thay đổi đích tác động; Do tạo ra isoenzym bỏ qua tác dụng của kháng sinh và do tạo ra men biến đổi hay phá hủy cấu trúc phân tử của kháng sinh. Cần theo dõi thống kê kết quả kháng sinh đồ hàng năm và biết được cơ sở di truyền phân tử của cơ chế và dịch tễ học tính đề kháng của từng loại vi khuẩn ở từng vùng.