Hiện nay có nhiều ý kiến cho rằng hệ vi khuẩn đường ruột có liên hệ mật thiết với sức khoẻ của vật chủ và sức chống đỡ bệnh tật. Sự vượt trội của vi khuẩn có hại ở ruột cuối cùng dẫn đến các rối loạn khác nhau, trong khi đó vi khuẩn có lợi đóng vai trò dọn sạch và điều hoà sinh lý ở ruột già. Người ta có thể tạo trạng thái cân bằng hợp lý ở ruột bằng chế độ ăn gồm những thức ăn hoặc dược phẩm nhằm gia tăng vi khuẩn có lợi hoặc ức chế vi khuẩn có hại.