Nhiễm trùng ngoại khoa nhất là nhiễm trùng ổ bụng hiện vẫn còn là vấn đề lớn cho phẫu thuật viên. Việc chọn kháng sinh vẫn còn là thách thức lớn và mỗi trường phái chọn phác đồ riêng theo kinh nghiệm của mình. Khi chọn kháng sinh cần biết rõ về vi khuẩn gây bệnh cũng như đặc điểm dược lý của kháng sinh sẽ dùng. Độc tính cũng như vấn đề kinh tế là các thông số cần được xem xét cẩn thận giúp sử dụng kháng sinh hợp lý và an toàn hơn.