Phương pháp nhuộm Weber cải tiến và Calco-fluor trước hết được sử dụng để chẩn đoán sơ bộ, từ 157 bệnh phẩm phân của bệnh nhân AIDS tiêu chảy mãn, 13 chủng Microsporidia được tìm thấy (tỷ lệ 8,3%). Sáu cặp mồi dựa trên trình tự đơn vị phân nhỏ của ribosom, trình tự bảo thủ của vùng nối nội, vùng mã hóa đơn vị phân lớn của ribosom được sử dụng để phát hiện bào tử Microsporidia thuộc chi Encephalitozoon. So sánh với phương pháp chuẩn hiện nay là kính hiển vi điện tử đòi hỏi tốn thời gian và máy móc hơn, phương pháp PCR dễ dàng phân biệt tới loài của các Microsporidia trong phân cũng như các bệnh phẩm lâm sàng khác chỉ trong vài giờ