Hầu hết các phác độ hoá chất điều trị bệnh ác tính cơ quan tạo máu đều có những tác dụng không mong muốn như: gây giảm bạch cầu, tiểu cầu, huyết sắc tố, tăng men gan (SGOT, SGPT) tăng urê, creatinin hoặc gây buồn nôn/nôn, làm rụng tóc... Tuy nhiên tỷ lệ và mức độ trầm trọng thì khác nhau ở từng phác đồ. Các phác đồ gây nhiều tác dụng phụ đáng chú ý là phác đồ Doxorubicin + Ara.C (P3), MOPP (P2), CHOP (P1) và VAD (P4). Các phác đồ Ara.C + Depersolon (P7), Hydrea + Ara.C (P6) và nhất là phác đồ chỉ dùng Hydrea đơn độc (P5) thường ít tác dụng phụ hơn.