Phẫu thuật nội soi ngày càng được phát triển với những ưu điểm riêng, tuy nhiên các phẫu thuật viên cùng với bác sỹ gây mê cần nắm được một số biến chứng thường gặp và cách xử trí để kết quả phẫu thuật ngày càng tốt hơn. Những biến chứng liên quan đến gây mê, trong trường hợp gây mê nội khí quản là biến chứng tim phổi, tăng CO2 huyết, phản xạ mạch-thần kinh phế vị có thể dẫn đến sốc hoặc trụy mạch với những trường hợp gây mê không đủ sâu. Gây tê vùng có các biến chứng: bồn chồn, lo âu; đau; phản ứng dị ứng và phản vệ: kích thích, mặt ửng đỏ, nhịp tim nhanh, co thắt phế quản lan tỏa, ngứa và nổi mề đay. Những biến chứng khi tiến hành phẫu thuật gồm biến chứng do bơm khí CO2, tràn khí dưới da, tràn khí trung thất, tràn khí màng phổi, tắc mạch khí, toan huyết do tăng CO2 máu, biến chứng do tư thế bệnh nhân, biến chứng liên quan đến việc đặt trocar, tổn thương ống tiêu hóa, chảy máu lỗ trocar, tổn thương mạch máu, thoát vị qua lỗ đặt trocar, tổn thương bàng quang và niệu quản, nhiễm trùng lỗ trocar,… Các biến chứng khác như liệt đám rối sau phẫu thuật nội soi do căng cánh tay quá mức, áp xe tồn dư, huyết khối tĩnh mạch sâu, nghẽn mạch phổi,…