2000 là năm giữa hai thiên niên kỷ, ngoài công tác thường xuyên, các công tác trọng tâm: tiếp tục hướng về cơ sở, phát động phong trào thầy thuốc tình nguyện công tác có thời hạn 6 tháng tại nơi có nhiều khó khăn vùng sâu vùng xa; hoàn chỉnh mạng lưới y tế xã, thôn bản nhằm đưa cán bộ y tế gần dân hơn để người nghèo được chăm sóc chu đáo ngay tại cơ sở với chất lượng cao, ít tốn kém hơn phù hợp với khả năng kinh tế; nâng cao y đức bằng hành động cụ thể; thực hiện có hiệu quả xã hội hóa y tế; đặc biệt quan tâm đến người có công, người nghèo; phòng chống thảm họa không để dịch xảy ra.