Trung tâm Y tế dự phòng Bắc Cạn chưa tổ chức được các khoa/phòng theo mô hình của quyết định 2468/1999/QĐ-BYT. Thiếu cán bộ chuyên môn cả về số lượng và chất lượng (có 29 cán bộ: 3 chuyên khoa y tế dự phòng, 7 bác sỹ đa khoa, 4 cán bộ xét nghiệm chỉ có trình độ trung cấp và 30% cán bộ làm công tác hành chính, quản trị). Cơ sở vật chất chưa ổn định, trang thiết bị phục vụ cho công tác xét nghiệm không đồng bộ. Khả năng tiếp nhận của Trung tâm y tế dự phòng Bắc Cạn bước đầu chỉ có thể tập trung vào các nội dung về quản lý phòng chống dịch, triển khai các chương trình y tế cộng đồng, ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý và xử lý số liệu. Để triển khai một số kỹ thuật xét nghiệm, cần phối hợp với khoa xét nghiệm của Bệnh viện đa khoa tỉnh.