Bằng kỹ thuật RT-PCR, sử dụng mồi suy biến của 3 nhóm virut để chọn mẫu dịch não tủy (DNT) phân lập virut gây hội chứng não cấp (HCNC) do muỗi truyền. Xét nghiệm 53 mẫu DNT của BN HCNC bằng kỹ thuật RT-PCR, xác định có 16 BN dương tính với tỷ lệ: 8/13 (15,09%) mẫu dương tính với mồi của nhóm virut do muỗi truyền, 7/53 (12,96%) mẫu dương tính với mồi của nhóm virut tiềm tàng, 1/53 (1,88%) mẫu dương tính với mồi của nhóm virut lây truyền qua đường tiêu hóa. Kết quả dương tính bằng kỹ thuật RT-PCR không thể thay thế kết quả phân lập, nhưng nó định hướng cho việc chọn mẫu thích hợp để phân lập virut. Từ 7 mẫu DNT xác định dương tính bằng kỹ thuật RT-PCR với cặp mồi của nhóm virut do muỗi truyền, phân lập được 7 chủng virut, trong số này là có 5 chủng là virut viêm não Nhật Bản, 1 chủng là virut thuộc nhóm virut Arbo mới được phát hiện ở Việt Nam 2002, còn 1 chủng chưa định loại được.