Từ 1980-2000 Viện Pasteur Nha Trang đã có nhiều công trình nghiên cứu, góp phần định hướng cho các thầy thuốc trong việc điều trị, đặc biệt là đã góp phần đề xuất xây dựng các phác đồ điều trị dự phòng các bệnh dịch nguy hiểm như tả, lỵ, dịch hạch. Ngoài ra còn nghiên cứu trong các lĩnh vực y học lao động, môi trường, dinh dưỡng...Nhờ các thành tích đã đạt được cán bộ của Viện đã được vinh dự nhận giải thưởng Kovalevskaia và các bằng lao động sáng tạo.