Thimerosal ở liều thấp có thể gây nên những phản ứng tại chỗ, ở liều cao (gấp trên 1.000 lần trong vacxin) có thể gây độc cho thần kinh và thận. Những hậu quả này là do dẫn xuất ethylmercury của thimerosal gây ra. WHO và 3 cơ quan của Hoa Kỳ là FDA, Cơ quan Bảo vệ môi trường (EPA), Văn phòng Giám sát bệnh và độc chất (ATSDR) đã thiết lập những hướng dẫn cho giới hạn an toàn của methylmercury trong thực phẩm hằng ngày: EPA: tiêu chuẩn cho phép 0,1µg/kg/ngày; ATSDR: 0,3µg/kg/ngày; FDA: 0,4µg/kg/ngày; WHO: 0,47µg/kg/ngày. Những hướng dẫn hiện hành khác nhau ở Hoa Kỳ về ngưỡng tiếp xúc an toàn đối với thủy ngân là nguồn gây nhiễu cho việc cân nhắc sử dụng thimerosal. Ngoài ra, hướng dẫn của WHO khác với tất cả các hướng dẫn ở Hoa Kỳ, do đó cần có một biện pháp dung hòa hay ít nhất là làm rõ những khác biệt này.