Từ ngày 1-6/11/1999 tại Thừa Thiên-Huế đã xảy ra một trận lũ lụt lớn, bất ngờ và trên diện rộng. Hơn 90% diện tích các khu vực dân cư bị ngập nước từ 1,5-4m và kéo dài từ 4-9 ngày gây hậu quả nghiêm trọng về tính mạng, sức khỏe và tài sản của Nhà nước và nhân dân. Đặc biệt vấn đề vệ sinh môi trường bị ô nhiễm nặng nề tác động lớn đến sức khỏe nhân dân. Các lực lượng quân đội, y tế các ngành của tỉnh đã tổ chức triển khai, thực hiện tốt các biện pháp tích cực như xử lý xác súc vật, xử lý nguồn nước sinh hoạt, nhà vệ sinh, xử lý rác và phun hóa chất diệt khuẩn, thanh tra kiểm tra an toàn vệ sinh thực phẩm,... nhằm giám sát và ngăn ngừa dịch bệnh xảy ra, ổn định đời sống nhân dân.