Năm 2000, tuy lũ lụt nặng nề nhưng tại Đồng Tháp đã không có vụ dịch lớn nào xảy ra, có một dịch sởi, các bệnh truyền nhiễm có số mắc cao là cúm, tiêu chảy, dại, hội chứng lỵ, bn sốt rét giảm 28,32%. Các mục tiêu y tế quốc gia trên địa bàn tỉnh, các hoạt động thường xuyên hầu hết đều đạt và vượt chỉ tiêu đề ra so với yêu cầu chức năng nhiêm vụ. Trung tâm còn xếp vào loại yếu.