28 loạt vaccin viêm não Nhật Bản do Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Hà Nội sản xuất được kiểm tra bằng phương pháp hiển vi điện tử thấy có độ tinh khiết cao, các hạt virus có hình khối cầu đều đặn, nguyên vẹn, giữa có lõi, bên ngoài là vỏ bọc, ngoài cùng là các lông chiếu. Đường kính trung bình của các hạt này là 45-50nm. Đôi khi quan sát các mảnh, các cấu tử nhỏ, đó là thành phần của các hạt virus đang trong quá trình hoàn chỉnh. Quan sát kỹ các loại vaccin không thấy có hoặc ít protein của não chuột và cũng không thấy có các hình thái virus lạ trong vaccin.