Hiển vi điện tử là một phương pháp cần thiết và quan trọng trong nghiên cứu và chẩn đoán virut học. Để chẩn đoán virut hoặc vi sinh vật bằng hiển vi điện tử, cần quan sát cấu trúc hình thái của các tác nhân bao gồm hình dạng, kích thước, siêu cấu trúc, tính đối xứng (vỏ, capsid, capsome, gai), màng tế bào, tiêm mao, lông và so sánh các tiêu chuẩn hình thái của các tác nhân đó với họ virut, vi sinh vật đã được xác định trước về mặt hình thái. Ưu điểm của phương pháp này là làm mẫu đơn giản, phân loại bằng hình thái nhanh, thấy được sự lây nhiễm do nhiều tác nhân và phương thức chẩn đoán chuẩn xác và ngắn gọn.