Nghiên cứu phân tích dịch tễ học phân tử của các chủng EV 71 mới phân lập được trong khu vực Tây Thái Bình Dương. Vùng VP1 của các chủng EV 71 được trình tự hoá, sự phân tích phả hệ được thực hiện cùng với chủng EV 71 chuẩn. Kết quả phân tích đã xác định có 2 nhóm gen chính là nhóm B và nhóm C. Dựa vào trình tự sắp xếp của các nucleotid vùng VP1, 2 nhóm gen này lại được ra thành các phân nhóm gen là B1, B2, B3, B4 và C1, C2, C3, C4. Chủng EV 71 phân lập ở miền Bắc Việt Nam và 4 chủng EV 71 phân lập ở Thượng Hải Trung Quốc tạo thành 1 nhóm gen mới thuộc phân nhóm gen C4. Các chủng EV 71 phân lập ở miền Nam Việt Nam và chủng EV 71 phân lập ở Thái Lan năm gần đây tạo thành nhóm gen riêng biệt thuộc phân nhóm gen C1.