Bộ gen của 24 mẫu virut cúm A H5N1 gây tử vong cho người và gia cầm tại các tỉnh miền Nam Việt Nam 2004-2005 đã được giải mã hoàn toàn. Các chủng H5N1 đều là thể độc với nhiều axit amin tại điểm cắt HA1-HA2. Các chủng đầu 2005 đã có các đột biến tại một số vị trí quan trọng trên protein NS1, protein PB2 cho phép virut sinh sản hiệu quả trên tế bào động vật có vú, và đột biến trên kháng nguyên HA tại điểm gắn với thụ thể tế bào chủ có ảnh hưởng đến khả năng xâm nhiễm tế bào. Cúm gia cầm ở Việt Nam năm 2004-2005 đều xuất phát từ một nguồn virut H5N1 typ Z và hiện đang biến đổi theo hướng dễ lây nhiễm cho người.