Nghiên cứu đặc điểm di truyền của virut sởi hoang dại từ 17 chủng virut sởi hoang dại được phân lập từ dịch mũi họng các bệnh nhân tại miền Bắc, miền Trung và Tây nguyên giai đoạn 2000 - 2002 cho thấy: Trình tự 450 nucleotit thuộc vùng biến đổi đầu - COOH gen N được phân tích. Kiểu gen H2 - một genotyp mới được thiết lập năm 2000 với chủng đại diện là MVi/Beijing. CHI/94/1, thuộc nhóm gien (Clade) H - vẫn tiếp tục lưu hành ở miền Bắc và Tây nguyên sau 4 năm phát hiện. Các chủng sởi hoang dại lưu hành tại miền Trung thuộc genotyp H1, nhóm gen H, với chủng đại diện là MVi/Human. CHI/93, đây là lần đầu tiên genotyp H1 được phát hiện ở Việt nam. Tỷ lệ khác biệt ở mức nucleotit so với các chủng cùng kiểu gen của virut sởi của Việt nam dưới 3,0%. Một chủng virut thuộc genotyp D5, nhóm gen D được xác định, điều này gợi ý có thể đây là chủng hoang dại từ Thái lan đã xâm nhập vào nước ta.