Chế biến thuốc theo phương pháp cổ dựa vào nguyên lý của các học thuyết ngũ hành, kinh lạc, tạng tượng nhằm tăng tác dụng dẫn thuốc vào các đường kinh tạng phủ, các bộ phận khác nhau của cơ thể người bệnh. Tùy thuộc vào phương pháp chế biến khác nhau mà vị thuốc có thể có tác dụng khác nhau về cường độ, độc tính, tác dụng phụ và có thể tạo ra tác dụng khác. Trong y học cổ truyền thường sử dụng 3 phương pháp khác nhau là hỏa chế, thủy chế và thủy hỏa hợp chế.