Từ năm 1998-2007 đã nghiên cứu 788 mẫu được thu thập từ 671 bệnh nhân hội chứng não cấp (HCNC) nghi ngờ do virut tại Thanh Hóa, Hà Tây, Bắc Giang để xác định căn nguyên virut viêm não Nhật Bản (VNNB) gây HCNC và hiệu quả phòng bệnh của vacxin VNNB. Sử dụng kỹ thuật phát hiện IgM kháng virut VNNB. Kết quả: Việc thu được 3 loại mẫu hoặc mẫu huyết thanh kép rất thấp khoảng 6-12%. Bộ sinh phẩm MAC-ELISA, PEN TAX có độ nhạy cao có thể phát hiện IgM kháng virut VNNB trong mẫu dịch não tủy lấy trong giai đoạn cấp là 96,1%, tỷ lệ bỏ sót dưới 4%. Xác định có 11,8% HCNC do virut Nam Định (chưa phát hiện được HCNC do virut West Nile); Phần lớn các trường hợp VNNB chưa được tiêm phòng vacxin. Tỷ lệ bảo vệ của vacxin VNNB là 98,6%. Vẫn còn virut khác gây HCNC chưa được phát hiện.