Giám sát vi sinh trong một số phòng đặc biệt quan trọng: phòng kiểm tra vô trùng (PKTVT), phòng sản xuất vacxin sống, phòng đóng ống tại một số vi trí. Không khí: có sự lưu thông không khí trong và ngoài phòng vô trùng (PVT), khu vực gần cửa ra vào PVT và tiền phòng bị nhiễm khuẩn cao hơn hẳn các vị trí khác trong PVT; có nhiễu loạn không khí trong phòng do người thao tác đi lại nhiều; vi sinh không khí tiền phòng luôn ở mức độ cao; quá trình đóng ống bị nhiễm khuẩn lẻ tẻ. Vi sinh bề mặt: dụng cụ mang vào PVT chưa được xử lý tiệt trùng bề mặt thích hợp, mật độ vi khuẩn từ những dụng cụ này rất cao; nền tiền phòng có số lượng vi sinh luôn cao. Vi sinh vệ sinh cá nhân: một số người làm không mang găng tay vô trùng; dung dịch sát trùng tay và găng tay không đảm bảo diệt được các loại vi sinh; quần áo vô trùng có hiện tượng sử dụng lại khi chưa được hấp; làm việc kéo dài nhiều giờ mật độ vi khuẩn trên quần áo người làm rất cao; vệ sinh và giữ gìn phòng không đều; các quy tắc thực hiện sản xuất đúng đắn chưa viết ra thành văn bản chính thức.