Từ năm 1993 Viện Vacxin bắt đầu thực hiện giám sát vi sinh tại một số phòng sản xuất và kiểm định có hệ thống theo tiêu chuẩn của Viện Human-Hungary. Trên cơ sở giám sát này xây dựng tiêu chuẩn vi sinh phòng trong hệ thống sản xuất vacxin và các chế phẩm sinh học của Viện Vacxin. Thống kê tỷ lệ nhiễm trùng của các vacxin huyết thanh trước và sau giám sát thấy có hiệu quả rõ của sự giám sát tỷ lệ nhiễm trùng của vacxin giảm tỷ lệ thử nghiệm vô trùng phải nhắc lại cũng giảm. Quá trình giám sát đang được tiếp tục thực hiện để tiến tới xây dựng tiêu chuẩn vi sinh phù hợp với thực tế sản xuất của Viện và tuân theo hướng dẫn “ Thực hành sản xuất đúng đắn” của WHO cho các cơ sở sản xuất chế phẩm y học.