Năm 1994, công tác nghiên cứu khoa học của Trường Đại học Y khoa Hà Nội đạt được nhiều kết quả đáng khích lệ, nổi bật là đề tài nghiên cứu do PGS Tôn Thất Bách làm chủ nhiệm. Hầu hết các đề tài cấp Bộ đều có giá trị ứng dụng thực tiễn, như đề tài của GS Vi Huyền Trác, PGS Nguyễn Vượng về phát hiện và chẩn đoán sớm ung thư, của PTS Nguyễn Nghiêm Luật về thuốc chống sốt rét... Trường đã động viên, khuyến khích sinh viên tham gia nghiên cứu khoa học. Năm 1994, trường đã triển khia các dự án hợp tác với Hà Lan về “nâng cao chất lượng đào tạo”, “Dự án với Quỹ Cứu trợ Nhi đồng Anh”... Công tác xuất bản đã đóng góp rất lớn trong việc nghiên cứu khoa học của cán bộ...