Tạo ảnh bằng cộng hưởng từ là một kỹ thuật tạo ảnh theo nhiều chiều và dùng nhiều tham số nên chất lượng ảnh ưu việt hơn các kỹ thuật tạo ảnh khác hiện có. Tuy nhiên có một vài nhược điểm như giá thành xét nghiệm cao, một số chống chỉ định (bệnh nhân không được giữ trong cơ thể đồ vật bằng kim khí như máy tạo nhịp tim, một số van tim nhân tạo, các kẹp mạch máu sọ, đinh nội tuỷ xương, ống nội khí quản...). Cộng hưởng từ được chỉ định trong thăm dò sọ não (nhất là hố sau), cột sống, khớp, cơ gân, chụp mạch máu không cần dùng thuốc cản quang. Trong một số trường hợp, cần đung chất tạo tương phản như cadolinium.