Một trong những bài học lớn của Lê Hữu Trác để lại cho khoa học y học là bài học về y đức. Ông là nhà Y duy nhất của nền y học cổ truyền dân tộc nói về y đức một cách đầy đủ, hệ thống, sâu sắc. Ông nhấn mạnh “nghề y là một nhân thuật”, Ông coi “nhân” là đức tính căn bản nhất của người làm nghề y, Ông khẳng định nghề y là một học thuật cao quý để giữ gìn mạng sống. Là người công dân lao động trong y tế, thì y đức của mọi nhân viên y tế là sự thống nhất giữa đạo đức chung và đạo đức nghề nghiệp, sự thống nhất được thể hiện: thấm nhuần và giải quyết một cách khoa học vấn đề xã hội, mối quan hệ giữa thầy thuốc với người bệnh, lương tâm người thầy thuốc phải như mẹ hiền, người thầy thuốc giỏi phải có trình độ sâu và cao về chuyên ngành y học, quan hệ giữa thầy thuốc với thầy thuốc là một nội dung của y đức.