Hiện nay, trong nền y tế chúng ta vẫn chưa xác định được một hệ thống cơ chế tài chính y tế phù hợp với quản lý y tế trong cơ chế thị trường có định hướng xã hội chủ nghĩa, vì vậy một số chính sách về tài chính y tế ra đời nhưng mang tính manh mún, chắp vá, thậm chí có cái chưa phù hợp với đường lối chủ trương. Hiện nay, thực trạng của công tác tài chính bệnh viện công nổi lên những điểm có tính chất bất cập như: giá thành của các dịch vụ y tế không được tính, nguồn tài chính của bệnh viện không được đảm bảo, luôn trong tình trạng thiếu hụt. Chính yếu kém này lại trở thành nguyên nhân làm cho mô hình và hoạt động quản lý tài chính bệnh viện công (bệnh viện do nhà nước lập ra) thiếu nhất quán, gây khó khăn và cản trở cho việc thực hiện tốt các chức năng nhiệm vụ của bệnh viện công.