Điều trị VMNNK trẻ em cần nhanh chóng, bao gồm liệu pháp kháng sinh (KS) và các liệu pháp hỗ trợ. Có liệu pháp KS kinh nghiệm và liệu pháp KS đặc hiệu trong VMNNKC. Thực tế lâm sàng, LPKSKN cần dựa vào nguy cơ gây bệnh theo tuổi và phân loại lâm sàng. LPKSĐH khi căn nguyên vi khuẩn đã xác định, được thay đổi theo kết quả KS đồ, hoặc có thể điều chỉnh theo liệu pháp KS chuẩn. Liệu pháp hỗ trợ như chống viêm, chống tăng áp lực nội sọ... Phòng bệnh bằng liệu hoá dự phòng hoặc miễn dịch dự phòng như tiêm vaccin