Thanh toán chi phí y tế hiện nay mới chỉ là thanh toán một phần viện phí trong tổng chi phí cho việc khám chữa bệnh (KCB), theo khung giá viện phí ban hành kèm theo Thông tư số 14/TTLB, ngày 30/09/1995 của liên Bộ Y tế - Tài chính – Lao động Thương binh và xã hội - Ban vật giá chính phủ. Phương thức thanh toán theo phí dịch vụ ở Việt Nam hiện nay còn nhiều bất cập. Giải pháp trước mắt là tiếp tục thanh toán theo quy định tại Thông tư 17/BYT Bộ Y tế. Đối với thanh toán nội trú nên thống nhất đưa ra trần thanh toán theo hạng bệnh viện, theo khu vực. Bộ Y tế nên đưa ra danh mục các loại thủ thuật, phẫu thuật được cơ quan BHXH thanh toán, liên bộ cần sớm sửa đổi, bổ sung, khung giá thu một phần viện phí phù hợp với nhu cầu và sự phát triển của khoa học kỹ thuật. Về lâu dài, nên mở rộng thực hiện thí điểm phương thức thanh toán theo định suất thẻ. Đồng thời, nghiên cứu, học tập kinh nghiệm của các nước, khảo sát điều tra chi phí đã thanh toán cho bệnh nhân BHYT theo nhóm chẩn đoán, căn cứ mô hình bệnh tật ở Việt Nam để sớm xác định chi phí điều trị nhóm chẩn đoán bệnh và đưa vào áp dụng trong thực tiễn.