Ở Việt Nam, mầm bệnh ký sinh trùng trong thực phẩm như giun sán, đơn bào và nấm là một trong những vấn đề cần được đặc biệt quan tâm hiện nay. Đứng trên quan điểm của nhà ký sinh trùng học thì ký sinh trùng truyền qua thức ăn là những loài ký sinh bắt buộc qua vật chủ trung gian như cá, cua, tôm, lợn… bao gồm sán lá gan, sán lá phổi, sán lá ruột, sán dây, giun xoắn, giun đầu gai… Mầm bệnh xâm nhập vào cơ thể người qua đường ăn uống một cách thụ động do ăn phải thức ăn có trứng giun/ấu trùng sán còn sống. Có nhiều mầm bệnh liên quan đến ký sinh trùng qua thực phẩm: mầm bệnh sán lá gan nhỏ lây truyền chủ yếu qua ăn gỏi cá, mầm bệnh sán lá phổi do tập quán ăn cua nướng chưa chín, mầm bệnh sán dây và ấu trùng sán lợn do tập quán ăn thịt lợn hoặc thịt trâu, bò chưa nấu chín… Để hạn chế được sự sâm nhập của mầm bệnh chúng ta phải tôn trọng vệ sinh an toàn thực phẩm.