Nếu không cải tiến, hiện đại hóa, thuốc y học cổ truyền sẽ mất dần vị trí trước sự phát triển nhanh chóng của các loại thuốc từ nền y học phương Tây. Nội dung cơ bản của hiện đại y học cổ truyền là tăng cường nghiên cứu cơ bản về lý thuyết/lý luận y học truyền thống, nâng cao trình độ kỹ thuật của nền công nghiệp thuốc y học cổ truyền, thúc đẩy thuốc y học truyền thống và y học hiện đại cùng phát triển, xúc tiến hội nhập quốc tế. Để có thể hiện đại hóa thuốc y học cổ truyền, cần 3 yếu tố là cơ quan quản lý nhà nước, tài chính và đầu tư, khoa học và công nghệ. Có 3 xu hướng hiện đại hóa y học cổ truyền là dựa trên nền tảng y học cổ truyền, theo con đường y học hiện đại phương Tây, theo con đường hiện đại hóa nói chung. Hiện đại hóa các thuốc y học cổ truyền mà thực chất là phát triển dược phẩm mới dựa trên vốn tri thức và kinh nghiệm/công nghệ truyền thống, là con đường ngắn và tiết kiệm vì chi phí phát triển chỉ bằng 1% so với phát triển dược phẩm mới bằng con đường tổng hợp và rút ngắn thời gian.