Công nghệ thông tin y tế (CNTTYT) đang ở giai đoạn đầu phát triển, việc sử dụng CNTTYT hiện nay còn tản mạn, mang tính tự phát, thiếu đồng bộ và không thống nhất. Định hướng chiến lược quan trọng của lãnh đạo Bộ Y tế về CNTTYT là thực hiện công tác quản lý hành chính nhà nước và quản lý chuyên môn nghiệp vụ bằng CNTT và xây dựng ngân hàng dữ liệu thống nhất cho toàn ngành. Ngành y tế phấn đấu đến hết năm 2005, mạng thông tin y tế được kết nối từ Bộ Y tế đến các cơ sở y tế xã phường.