Khi giữ cương vị Bộ trưởng Bộ y tế, bác sỹ Vũ Văn Cẩn đã có nhiều đóng góp rất lớn đối với sự nghiệp xây dựng và phát triển ngành y tế Việt Nam. Ông đặc biệt quan tâm đầu tư để phát triển ngành quân y lớn mạnh, đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của cuộc đấu tranh giải phóng ở miền Nam và chống chiến tranh phá hoại miền Bắc. Trong kháng chiến chống Mỹ, sự kết hợp Quân y và Dân y ngày càng được hoàn thiện cả về lý luận và hình thức tổ chức. Trong điều kiện thời bình, công tác kết hợp Quân Dân y phát triển toàn diện trên tất cả các lĩnh vực, nhưng thể hiện rõ nhất trong lĩnh vực phòng chống dịch bệnh, cấp cứu và cứu chữa nạn nhân khi có thiên tai, thảm họa… đặc biệt là chăm sóc sức khỏe nhân dân vùng cao, vùng sâu, vùng xa, biên giới, hải đảo và vùng dân tộc thiểu số.