Phẫu thuật nội soi thường được thực hiện nhiều nhất trong thai kỳ là cắt túi mật, cắt ruột thừa, cắt phần phụ, bóc u màng buồng trứng, bóc nang nước cạnh vòi trứng, thai ngoài tử cung kết hợp. Thai kỳ không phải là chống chỉ định của phẫu thuật nội soi. Phẫu thuật nội soi trong thai kỳ cũng có những lợi ích giống như trường hợp không mang thai. Nói chung, phẫu thuật mang lại kết quả tốt cho mẹ và con. Các biến chứng sảy thai, sinh non hoặc tử vong thai thường liên quan đến những bệnh lý khác, không liên quan với phẫu thuật. Trong bất cứ trường hợp nào, kỹ thuật nội soi trong thai kỳ nên được thực hiện cực kỳ cẩn thận. Trong 3 tháng giữa thai kỳ, nếu phẫu thuật vào bụng bằng kim Veress thì nên áp dụng phương pháp vào bụng hở.