Sỏi tiết niệu hiếm gặp gồm sỏi acid uric và sỏi cystin, đều được hình thành khi nước tiểu có tình trạng quá bão hòa acid uric và cystin. Sỏi acid uric chiếm 10% sỏi tiết niệu tại Hoa Kỳ, 16% tại Nhật và 25% tại một số nước châu Âu. Chẩn đoán xác định chủ yếu dựa vào kết quả phân chất sỏi. Trên lâm sàng, một số yếu tố gợi ý đế chẩn đoán sỏi acid uric bao gồm sỏi kém cản quang trên hình KUB, pH nước tiểu acid, thể tích nước tiểu 24 giờ thấp, tăng acid niệu … Ngoài việc điều trị ngoại khoa như mọi loại sỏi niệu khác, điều trị sỏi acid uric còn bao gồm việc thay đổi chế độ dinh dưỡng và điều trị nội khoa tránh tái phát sỏi. Sỏi cystin chiếm 1-2% các loại sỏi niệu nói chung. Soi tươi nước tiểu có thể thấy các tinh thể lục giác đặc trưng của sỏi cystin. Chẩn đoán xác định dựa vào phân chất sỏi thấy toàn bộ thành phần sỏi là cystin. Ở bệnh nhân sỏi cystin, sót sỏi sau mổ là một yếu tố thúc đẩy sỏi tái phát, vì vậy nên uống nhiều nước, nước chanh và nước khoáng, hạn chế thịt động vật.