Đoạn gen gồm các cặp nucleotit của cytochrome oxidase 1 (cox1) của hệ gen tỷ thể của loài sán lá gan bé Clonorchis sp được thu nhận bằng phản ứng PCR từ người tại Thanh Hoá, Nam Định và Opisthorchis sp thu nhận từ người tại Phú Yên. Thành phần nucleotit của đoạn gen coxl được sử dụng để so sánh 2 loài này với nhau và đối chiếu với loài Opisthorchis viverini Khon Kaen, Thái Lan và Clonorchis sinensis có nguồn gốc Trung Quốc và Hàn Quốc. Kết quả phân tích cho thấy: Opisthorchis sp của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng tuyệt đối về thành phần nucleotit với chủng Khon Kaen, Thái Lan và sai khác ngoại loài với các chủng C.sinensis Việt Nam, Trung Quốc và Hàn Quốc. Chủng Clonorchis sp của Việt Nam có mức độ tương đồng 99,6% với chủng C.sinensis Trung Quốc và Hàn Quốc. Như vậy, loài Opisthorchis sp Việt Nam phân lập tại Phú Yên được xác định phân tử là Opisthorchis viverrini và chủng Clonorchis sp Việt Nam phan lập tại Nam Định và Thanh Hoá là Clonorchis sinensis. Hai loài này khác biệt với nhau cả về hình thái và mức độ phân tử.