Mục tiêu của chương trình quốc gia phòng chống sốt rét (PCSR) năm 1994 gồm: giảm chết 30%, giảm dịch 50% và giảm mắc 20% so với năm 1992. Để đạt các mục tiêu trên, đặc biệt là mục tiêu giảm mắc, đòi hỏi nhiều biện pháp đồng bộ. Vì vậy định hướng chung của các biện pháp chuyên môn kỹ thuật/PCSR 1994 là: Tăng cường chẩn đoán, điều trị sớm và đúng tại tuyến cơ sở; Mở rộng diện, đa dạng hóa và nâng chất lượng các biện pháp phòng bệnh, phòng chống vector, huy động sự tham gia của cộng đồng; Thực hiện dự báo, chủ động giám sát và phòng chống dịch; Mở rộng và nâng cao chất lượng công tác đào tạo, đào tạo lại cho các đối tượng; Phát động mạnh và nâng cao chất lượng công tác giáo dục sức khỏe/PCSR, đặc biệt tại các vùng trọng điểm SR; Thống nhất định hướng nghiên cứu khoa học và tập trung giải quyết những vấn đề cấp bách trong chiến lược PCSR ở VN; Thống nhất phương pháp, triển khai việc đánh giá hiệu quả của chương trình PCSR.