Nghiên cứu 31 trường hợp mổ áp xe hậu môn tại Bệnh viện Việt Đức từ 1992-1993, tuổi trung bình là 38,5%, nam 25, nữ 6. Kết quả cho thấy điều trị duy nhất là phẫu thuật: cắt mở hay cắt bỏ đường rò kèm theo phá huỷ ổ nhiễm khuẩn. Phương pháp phẫu thuật thay đổi theo tuỳ loại áp xe hậu môn (AXHM) hay rò hậu môn (RHM). Mục tiêu chữa trị là chữa khỏi bệnh tráng tái phát nhưng phải bảo toàn cấu trúc hậu môn đến tối đa để tránh rối loạn tự chủ hậu môn, kháng sinh không chữa khỏi, ngược lại làm chậm mổ khiến cho bệnh trở nên phức tạp hơn. Chỉ dùng kháng sinh khi khởi mê và sau mổ nếu cần.