Trong thiên nhiên nước gồm: nướctự nhiên (nước mưa), nước ngầm (nước giếng khoan) và nước bề mặt (sông, ao, hồ). Về phương diện sinh học chia ra 3 loại nước: nước đã xử lý, nước chưa xử lý và nước bể, nước lấy về bảo quản trong tủ lạnh 2-10 độ c không quá 24h. Hiện nay có 3 phương pháp xác dịnh số lượng vi khuẩn ái khí toàn phần trong 1 ml nước: phương pháp trộn thạch, ria trên thạch và màng lọc. BV Việt Đức sử dụng thạch Mueller Hinton. Xét nghiệm tìm coliform và coliform phân. Có 2 phương pháp thường được áp dụng là phương pháp MPN (lên men nhiều ống) và màng lọc. Xét nghiệm tìm P.aeruginosa là kỹ thuật dùng để tìm trực khuẩn mủ xanh trong 100ml nước, kỹ thuật này rất đơn giản.