Khi xem xét quá trình tiến hoá trên cơ sở ADN, người ta nhận thấy có sự metyl hóa ADN xảy ra nhiều cùng với sự tăng đột ngột số lượng gen khi chuyển từ động vật không xương sống tới động vật có xương sống (ĐVCXS). Vì vậy sự metyl hóa ADN được coi là cơ sở cho quá trình tiến hóa này. Metyl hóa ADN có vai trò quan trọng trong sự biểu hiện gen, sự phát triển bào thai, sự phát sinh khối u ở ĐVCXS. Ngày nay, người ta đã xác định được rằng sự metyl hóa ADN xảy ra ở vị trí thứ 5 của gốc cytosin (5mC) và enzym đầu tiên thực hiện quá trình metyl hóa này là ADN metyl transferase (Dmt).