Lây truyền HIV từ mẹ sang con có thể xảy ra trong thời gian mang thai, trong lúc sinh hoặc sau khi sinh thông qua việc nuôi con bằng sữa mẹ. Việc chẩn đoán trẻ sơ sinh nhiễm HIV rất khó khăn, vì không thể IgG của mẹ (trong đó có IgG kháng HIV) truyền sang cho con qua rau thai làm cho phản ứng huyết thanh phát hiện kháng thể kháng HIV ở trẻ luôn luôn dương tính, dù đứa trẻ đó có thực sự nhiễm HIV hay không. Các tác giả đã sử dụng kỹ thuật PCR với 3 mồi khuyếch đại các đoạn gen vùng p17, c2v3 (gp120) và gp41 (của HIV-1 để xác định tình trạng ô nhiễm HIV từ trong tử cung của 37 trẻ sơ sinh có mẹ HIV(+) ở TP.HCM. 2/37 (5,4%) mẫu máu cuống rốn và 37/37 mẫu máu mẹ tương ứng có kết quả PCR HIV dương tính. Tỷ lệ dương tính của phản ứng PCR với mồi gp41 và p17 cao hơn hẳn so với mồi c2v3. Nên sử dụng kỹ thuật PCR với ít nhất 2 loại mồi p17 và gp41 để xác định nhiễm HIV cho trẻ sơ sinh có mẹ HIV(+). Việc theo dõi và làm lại phản ứng PCR sau khi sinh cho trẻ là điều rất cần thiết.