Trimetrexat là thuốc đầu tiên được nghiên cứu và chấp nhận dùng để điều trị bệnh viêm phổi vừa và nặng do Pneumocystis carinii, một dạng nhiễm khuẩn cơ hội dễ dẫn đến tử vong ở những bệnh nhân bị AIDS. Thuốc Cali folinat được dùng đồng thời để bảo vệ cơ thể, chống lại tác dụng độc do Trimetrexat gây nên. Trước đây, có 3 loại thuốc được thông qua để điều trị thể nhẹ nhưng nhiều bệnh nhân không đáp ứng hoặc không chịu được các thuốc này.