Thanh tra y tế cần phải tiếp tục đổi mới, nâng cao hơn nữa về chất lượng và hiệu quả công tác thanh tra, góp phần thực hiện thắng lợi chiến lược chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân giai đoạn 2001-2010. Về nội dung và đối tượng thanh tra cần cải tiến, đổi mới nội dung trên tất cả các lĩnh vực. Về phương pháp thanh tra: thanh tra toàn diện các nội dung phù hợp với từng đối tượng qui định của pháp luật. Về xử lý các vi phạm trong lĩnh vực quản lý nhà nước về y tế cần quán triệt quan điểm thanh tra kiểm tra là để giúp cơ sở chấp hành tốt hơn những quy định của nhà nước