Bước vào thời kỳ đổi mới, ngành dược cũng như các ngành kinh tế khác thực hiện sự chuyển đổi từ cơ chế bao cấp sang cơ chế thị trường cần củng cố tổ chức, xây dựng hệ thống văn bản pháp qui. Tăng cường quản lý, sản xuất, xuất nhập khẩu, lưu thông phân phối thuốc. Bảo đảm chất lượng thuốc và sử dụng thuốc an toàn, hợp lý. Tiếp tục triển khai "chính sách Quốc gia về thuốc ", tiếp tục quản lý nhà nước về dược từ trung ương đến địa phương. Qui hoạch lại ngành công nghiệp dược trên cơ sở tiếp tục sắp xếp lại hệ thống sản xuất lưu thông, phân phối dược phẩm theo hướng tập trung rút gọn. Đầu tư máy móc trang thiết bị hiện đại, đào tạo bồi dưỡng cán bộ. Đẩy mạnh hợp tác quốc tế về dược.