Nhiệm vụ của ngành dược năm 1987 và những năm sau đó là phát huy những thành quả đã đạt được, tập trung vào việc tiếp tục chấn chỉnh và củng cố tổ chức, quy hoạch mạng lưới, xác định nội dung hoạt động, tăng cường quản lí trên cơ sở nâng cao hiệu quả kinh tế, phát triển mặt hàng về các chủng loại, sản lượng và chất lượng, quản lí chặt chẽ thị trường, đẩy mạnh xuất khẩu và tăng thêm nhiều mặt hàng xuất khẩu. Mặt khác, phấn đấu phát triển việc nuôi trồng dược liệu, lập lại trật tự trong lĩnh vực sản xuất cũng như lưu thông, ổn định thị trường, không ngừng nâng cao chất lượng về mọi mặt. Mục tiêu cơ bản của ngành dược vẫn là cung ứng đủ thuốc cho mọi nhu cầu phòng và chữa bệnh của nhân dân, với chất lượng cao cả về chủng loại lẫn số lượng.