Trong điều kiện dung dịch, pepsin và papain không phá huỷ lẫn nhau. Pepsin và papain phối hợp với nhau theo một tỷ lệ 2 : 1 tạo ra một hỗn hợp pepsin + papain có khả năng thuỷ phân protein lòng trắng trứng biến tính và casein sữa gần như nhau. Khả năng này ổn định ở pH từ 2-7 và đạt mức độ lớn như của pepsin và papain ở pH tối ưu (2 và 6,5). Hỗn hợp pepsin + papain hoạt động thuỷ phân bị ảnh hưởng bởi nhiệt hơn pepsin, đặc biệt ở nhiệt độ cao (gần bằng 60o) pepsin bị biến tính, nhưng hỗn hợp vẫn hoạt động thuỷ phân tốt như papain.