Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ VI về đổi mới, từ đổi mới tư duy đến đổi mới chính sách, phương pháp, phong cách và hành động. Trong bối cảnh đó ngành Dược (ND) đã có những đổi mới quan trọng: quan niệm mới xem cả nước là một thị trường thống nhất, ND không lấy địa giới để phân chia trách nhiệm; quyền tự chủ của các xí nghiệp dần dần được thiết lập, tình hình tập trung quan liêu bao cấp bị xóa dần, bắt đầu các mặt hoạt động chủ yếu; thực hiện chế độ một giá; chuyển sang cơ chế thị trường với nhiều thành phần kinh tế. Tuy nhiên, công cuộc đổi mới đã có những thành tựu rất đáng khích lệ nhưng có những nhược điểm cần khắc phục: chưa có sự hướng dẫn đầy đủ và toàn diện bằng các văn bản pháp quy; sự đổi mới phải được thực hiện ở mọi mặt hoạt động; các đơn vị quốc doanh xuất phát từ cơ sở sẵn có nên dễ bị bảo thủ và phát triển chậm; thiếu sự thống nhất từ ban đầu; thiếu cán bộ quản lý và cán bộ kinh tế.