Sau 50 năm kháng chiến chống thực dân Pháp, Đảng và Nhà nước lần đầu tiên phong tặng giải thưởng Hồ Chí Minh cho các nhà khoa học, trong đó có Giáo sư, tiến sĩ Trương Công Quyền với những đóng góp to lớn của ông cho ngành Dược Việt Nam. Công việc của Giáo sư gắn liền với công tác nghiên cứu khoa học, giảng dạy và đào tạo, ngoài ra ông còn là Chủ tịch ban nghiên cứu lịch sử ngành Dược Việt Nam. Ông đã được Đảng và Nhà nước ghi nhận công lao của ông cống hiến cho cách mạng và sự nghiệp giáo dục bằng nhiều huân, huy chương và danh hiệu Nhà giáo Nhân dân.