Trong bệnh viện khoa dược là đơn vị có tầm quan trọng đặc biệt. Thực hiện thông tư 08/BYT-TT ngày 4/7/1997 hầu hết các bệnh viện đã thành lập hội đồng thuốc và điều trị (HĐT và ĐT) và công tác cung ứng, quản lý, sử dụng thuốc đã đóng góp tích cực vào phục vụ người bệnh. Tuy nhiên hiện tượng sử dụng thuốc chưa hợp lý và thiếu an toàn vẫn còn đang diễn ra ở một số nơi. Ngoài cổng BV là nơi kinh doanh thuốc. Các trình dược viên coi BV là thị trường để bán thuốc cho các hãng. Sử dụng thuốc mua từ nhiều nguồn khác nhau cũng có những kẽ hở. Hoạt động của các HĐT và ĐT cũng có nhiều bất cập.