Tính đến hết năm 2003 đã có 73 doanh nghiệp dược nhà nước (DNDNN) tiến hành cổ phần hóa chiếm 50% tổng số DNDNN, trong đó có 8 DNDNNTW và 65 DNDNNĐP. Mới có 33 trên tổng số 64 tỉnh thành trong nước tiến hành thực hiện cổ phần hóa (CPH) DNDNN. Tiến trình CPH DNNN nói chung và DNDNN nói riêng đã được đẩy nhanh hơn nhưng vẫn chưa hoàn thành kế hoạch đặt ra. Quy mô vốn của các doanh nghiệp tiến hành CPH còn nhỏ. Trong ngành Dược đã có 9 DN có vốn trên 10 tỷ thực hiện CPH chiếm 42,9% số DNDNN có vốn trên 10 tỷ.Sau khi thực hiện xong tiến trình CPH DNDNN thì số DN mà Nhà nước giữ 100% vốn chỉ còn 4,1%, Nhà nước giữ cổ phần chi phối còn 6,2%. Đã có 11 trên tổng số 73 công ty cổ phân Dược có dây truyền sản xuất đạt tiêu chuẩn GMP.