Ứng dụng công nghệ nano trong sản xuất dược phẩm gồm: sử dụng các hệ siêu vi tiểu phân để tiêm tĩnh mạch trong điều trị nhiễm khuẩn nội bào, ung thư; sử dụng để đưa oligonucleotid vào cơ thể; sử dụng các hệ siêu vi tiểu phân để đưa thuốc qua các hàng rào của cơ thể; sử dụng tiêm dưới da và tiêm bắp; sử dụng qua đường uống, bào chế thuốc nhãn khoa. Một số vấn đề thường gặp khi nghiên cứu phát triển công nghệ nano trong sản xuất dược phẩm.